>>以下のようにＩＦ文を作ったのですが、ＩｓＥｑｕｉｐｅｄのところに１という数字は入っているはずなのですが、そのＩｆ文のところに行きません。どうしたらいいですか？

関数名を間違えています。
×IsEqiped
○IsEquiped

ElseIf ブラン説得 = 0 And IsEqiped(キャラ,ブランお手製回復薬) = 1 And IsEqiped(キャラ,ブランお手製強壮薬) = 1 Then
↓
ElseIf ブラン説得 = 0 And IsEquiped(キャラ,ブランお手製回復薬) = 1 And IsEquiped(キャラ,ブランお手製強壮薬) = 1 Then


>>説得２回目が終わるとすぐに説得３回目に飛んでいきます。３回目の会話をしていないのにです。

原文を見やすくすると�@の感じです。
見る限り「　If ブラン説得 = 2 Then　」が「　ElseIf ブラン説得 = 1 Then　」内で処理されているのが原因です。
手直しすると�Aか�Bの様な感じでしょうか。

// �@
//////////////////////////////////////////////////
会話 キャラ ブラン:
If Party(ブラン) = 味方 Then
	//ブランが味方になっていたらの処理

ElseIf Party(ブラン) = 敵 Then
	If ブラン説得 = 0 And IsEqiped(キャラ,ブランお手製回復薬) = 0 And IsEqiped(キャラ,ブランお手製強壮薬) = 0 Then
		Set ブラン説得 1
			//IsEquiped(キャラ,ブランお手製回復薬、強壮薬)が１でもここの処理に飛びます。０の時にはブランが否定するっていう処理です。

	ElseIf ブラン説得 = 0 And IsEqiped(キャラ,ブランお手製回復薬) = 1 And IsEqiped(キャラ,ブランお手製強壮薬) = 1 Then
		//もしもブランお手製回復薬、強壮薬を持っていたらここの処理に飛ぶというのをやりたいのですが、ここには飛びません。

		Talk システム
		ブランが仲間になった！！
		End
		ChangeParty ブラン 味方

	ElseIf ブラン説得 = 1 Then
		Set ブラン説得 (ブラン説得 + 1)
		//ここからの処理は順調です。説得２回目が始まります。

		If ブラン説得 = 2 Then
			//説得３回目がはじまります。説得２回目から会話前にすぐにこの処理が始まりました。
			Talk システム
			ブランが仲間になった！！
			End
			ChangeParty ブラン 味方
		EndIf
	EndIf
EndIf

// �A
//////////////////////////////////////////////////
（中略）
	ElseIf ブラン説得 = 1 Then
		Set ブラン説得 (ブラン説得 + 1)

	ElseIf ブラン説得 = 2 Then
		Talk システム
		ブランが仲間になった！！
		End
		ChangeParty ブラン 味方
	EndIf
EndIf

// �B
//////////////////////////////////////////////////
（中略）
	ElseIf ブラン説得 = 1 Then
		Set ブラン説得 (ブラン説得 + 1)
	Else
		If ブラン説得 = 2 Then
			Talk システム
			ブランが仲間になった！！
			End
			ChangeParty ブラン 味方
		EndIf
	EndIf
EndIf