>>前の全滅イベントしか発生しません。
脱出イベントと全滅イベントの整合性がないからだと思います。
脱出イベントと全滅イベントを下記の様に共通化すれば解決すると思います。

>>//ラスボス全滅イベントこれも認識しませんでした。
想定のイベントにたどり着いていないのが原因かも？

//////////////////////////////////////////////////

脱出 味方 W:
全滅 敵:
Incr 脱出カウント 1

Switch 脱出カウント
Case 1

Case 2

Case 3

Case 4
	// ラスボス登場後の全滅イベント
	// Exitが無いとChangeMap以降のイベントが実行されます。
	Exit
EndSw

ChangeMap "Event05_$(脱出カウント).map"
Night

Switch 脱出カウント
Case 1 2
	// 脱出カウント1,2が共通なら、この方法もあり。
Case 3
	// ラスボス登場
	// 以降脱出イベントが発生しないようにClearEvent
	ClearEvent "脱出 味方 W"
EndSw
Exit

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もし脱出イベントと全滅イベントで処理を別ける必要がある場合は下記の様な感じでしょうか。

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脱出 味方 W:
Set 脱出イベントフラグ 1

全滅 敵:
Incr 脱出カウント 1

Switch 脱出カウント
Case 1
	If 脱出イベントフラグ = 1 Then
		// 脱出イベントの場合
	Else
		// 全滅イベントの場合
	EndIf
Case 2
	If 脱出イベントフラグ = 1 Then
		// 脱出イベントの場合
	Else
		// 全滅イベントの場合
	EndIf
Case 3
	If 脱出イベントフラグ = 1 Then
		// 脱出イベントの場合
	Else
		// 全滅イベントの場合
	EndIf
Case 4
	// ラスボス登場後の全滅イベント
	// Exitが無いとChangeMap以降のイベントが実行されます。
	Exit
EndSw

ChangeMap "Event05_$(脱出カウント).map"
Night

Switch 脱出カウント
Case 1 2
	// 脱出カウント1,2が共通なら、この方法もあり。
Case 3
	// ラスボス登場
	// 以降脱出イベントが発生しないようにClearEvent
	ClearEvent "脱出 味方 W"
EndSw

Set 脱出イベントフラグ 0
Exit